Firefly
Универсальный высокопроизводительный некоммерческий программный пакет, разрабатываемый на химическом факультете МГУ имени М.В. Ломоносова на протяжении более 20 лет
Поддержка методов расчета электронной структуры на разных уровнях теории
От базовых методов функционала плотности DFT до многореференсных подходов, включая уникальные разработки, такие как многоконфигурационная квазивырожденная теория возмущений второго порядка XMCQDPT2
Моделирование молекулярных систем в конденсированной фазе
С использованием модели поляризующегося континуума (PCM) и гибридного метода эффективных фрагментов (EFP)
Учет релятивистских эффектов в расчетах с “тяжелыми” элементами
В расчетах с “тяжелыми” элементами с использованием эффективных остовных потенциалов (ECP)
Моделирование биологически значимых систем
Комбинированные методы квантовой и молекулярной механики в сочетании с эффективными алгоритмами оптимизации геометрии, поиска переходных состояний и расчета колебательных частот делает Firefly мощным инструментом для моделирования структуры, реакционной способности и спектральных свойств биомолекул
Моделирование электронно-возбужденных молекул и фотохимических реакций
С помощью эффективно реализованного метода XMCQDPT2
Экстремальная производительность
Предусмотрены возможности параллелизации для большинства алгоритмов с использованием методов LAPACK и BLAS третьего уровня, что позволяет производить вычисления на кластерах и суперкомпьютерах
Кроссплатформенность
Поддержка основных операционных систем Linux и Windows, обеспечивающая гибкость развертывания на различных вычислительных ресурсах
Число зарегистрированных пользователей пакета превышает 5000. По числу пользователей Firefly лидирует Япония, за которой следуют Китай и Индия, остальные страны юго-восточной Азии, Европа и Америка. Пакет широко используется как в университетах и колледжах, так и в высокотехнологичных компаниях.
Firefly востребован благодаря своей гибкости, высокой производительности и бесплатной лицензии, что делает его универсальным инструментом для решения научных и промышленных задач.
Предоставляет возможность создания и визуализации молекулярных структур, ускоряя процесс создания входных файлов, упрощая запуск расчетов на кластерах и суперкомпьютерах, а также позволяя проводить анализ полученных результатов
Bochenkova, Anastasia V.; Klærke, Benedikte; Rahbek, Dennis B.; Rajput, Jyoti; Toker, Yoni; Andersen, Lars H.
UV Excited-State Photoresponse of Biochromophore Negative Ions Journal Article
In: Angewandte Chemie International Edition, vol. 53, no. 37, pp. 9797-9801, 2014.
@article{Bochenkova2014,
title = {UV Excited-State Photoresponse of Biochromophore Negative Ions},
author = {Anastasia V. Bochenkova and Benedikte Klærke and Dennis B. Rahbek and Jyoti Rajput and Yoni Toker and Lars H. Andersen},
url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.201404609},
doi = {https://doi.org/10.1002/anie.201404609},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
journal = {Angewandte Chemie International Edition},
volume = {53},
number = {37},
pages = {9797-9801},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Ioffe, I. N.; Granovsky, A. A.
Photoisomerization of Stilbene: The Detailed XMCQDPT2 Treatment Journal Article
In: Journal of Chemical Theory and Computation, vol. 9, no. 11, pp. 4973-4990, 2013.
@article{Ioffe2013,
title = {Photoisomerization of Stilbene: The Detailed XMCQDPT2 Treatment},
author = {I. N. Ioffe and A. A. Granovsky},
doi = {10.1021/ct400647w},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {Journal of Chemical Theory and Computation},
volume = {9},
number = {11},
pages = {4973-4990},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Gozem, Samer; Melaccio, Federico; Lindh, Roland; Krylov, Anna I.; Granovsky, Alexander A.; Angeli, Celestino; Olivucci, Massimo
In: Journal of Chemical Theory and Computation, vol. 9, no. 10, pp. 4495-4506, 2013.
@article{Gozem2013,
title = {Mapping the Excited State Potential Energy Surface of a Retinal Chromophore Model with Multireference and Equation-of-Motion Coupled-Cluster Methods},
author = {Samer Gozem and Federico Melaccio and Roland Lindh and Anna I. Krylov and Alexander A. Granovsky and Celestino Angeli and Massimo Olivucci},
doi = {10.1021/ct400460h},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {Journal of Chemical Theory and Computation},
volume = {9},
number = {10},
pages = {4495-4506},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Bochenkova, Anastasia V.; Andersen, Lars H.
Ultrafast dual photoresponse of isolated biological chromophores: link to the photoinduced mode-specific non-adiabatic dynamics in proteins Journal Article
In: Faraday Discuss., vol. 163, iss. 0, pp. 297-319, 2013.
@article{Bochenkova2013,
title = {Ultrafast dual photoresponse of isolated biological chromophores: link to the photoinduced mode-specific non-adiabatic dynamics in proteins},
author = {Anastasia V. Bochenkova and Lars H. Andersen},
url = {http://dx.doi.org/10.1039/C3FD20150C},
doi = {10.1039/C3FD20150C},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {Faraday Discuss.},
volume = {163},
issue = {0},
pages = {297-319},
publisher = {The Royal Society of Chemistry},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Toker, Y.; Rahbek, D. B.; Klærke, B.; Bochenkova, A. V.; Andersen, L. H.
Direct and Indirect Electron Emission from the Green Fluorescent Protein Chromophore Journal Article
In: Phys. Rev. Lett., vol. 109, iss. 12, pp. 128101, 2012.
@article{Toker2012,
title = {Direct and Indirect Electron Emission from the Green Fluorescent Protein Chromophore},
author = {Y. Toker and D. B. Rahbek and B. Klærke and A. V. Bochenkova and L. H. Andersen},
url = {https://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevLett.109.128101},
doi = {10.1103/PhysRevLett.109.128101},
year = {2012},
date = {2012-09-01},
journal = {Phys. Rev. Lett.},
volume = {109},
issue = {12},
pages = {128101},
publisher = {American Physical Society},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Sorry, no publications matched your criteria.