Firefly
Универсальный высокопроизводительный некоммерческий программный пакет, разрабатываемый на химическом факультете МГУ имени М.В. Ломоносова на протяжении более 20 лет
Поддержка методов расчета электронной структуры на разных уровнях теории
От базовых методов функционала плотности DFT до многореференсных подходов, включая уникальные разработки, такие как многоконфигурационная квазивырожденная теория возмущений второго порядка XMCQDPT2
Моделирование молекулярных систем в конденсированной фазе
С использованием модели поляризующегося континуума (PCM) и гибридного метода эффективных фрагментов (EFP)
Учет релятивистских эффектов в расчетах с “тяжелыми” элементами
В расчетах с “тяжелыми” элементами с использованием эффективных остовных потенциалов (ECP)
Моделирование биологически значимых систем
Комбинированные методы квантовой и молекулярной механики в сочетании с эффективными алгоритмами оптимизации геометрии, поиска переходных состояний и расчета колебательных частот делает Firefly мощным инструментом для моделирования структуры, реакционной способности и спектральных свойств биомолекул
Моделирование электронно-возбужденных молекул и фотохимических реакций
С помощью эффективно реализованного метода XMCQDPT2
Экстремальная производительность
Предусмотрены возможности параллелизации для большинства алгоритмов с использованием методов LAPACK и BLAS третьего уровня, что позволяет производить вычисления на кластерах и суперкомпьютерах
Кроссплатформенность
Поддержка основных операционных систем Linux и Windows, обеспечивающая гибкость развертывания на различных вычислительных ресурсах
Число зарегистрированных пользователей пакета превышает 5000. По числу пользователей Firefly лидирует Япония, за которой следуют Китай и Индия, остальные страны юго-восточной Азии, Европа и Америка. Пакет широко используется как в университетах и колледжах, так и в высокотехнологичных компаниях.
Firefly востребован благодаря своей гибкости, высокой производительности и бесплатной лицензии, что делает его универсальным инструментом для решения научных и промышленных задач.
Предоставляет возможность создания и визуализации молекулярных структур, ускоряя процесс создания входных файлов, упрощая запуск расчетов на кластерах и суперкомпьютерах, а также позволяя проводить анализ полученных результатов
Aslopovsky, Vladislav R.; Scherbinin, Andrei V.; Kleshchina, Nadezhda N.; Bochenkova, Anastasia V.
Impact of the Protein Environment on Two-Photon Absorption Cross-Sections of the GFP Chromophore Anion Resolved at the XMCQDPT2 Level of Theory Journal Article
In: International Journal of Molecular Sciences, vol. 24, no. 14, 2023, ISSN: 1422-0067.
@article{Aslopovsky2023,
title = {Impact of the Protein Environment on Two-Photon Absorption Cross-Sections of the GFP Chromophore Anion Resolved at the XMCQDPT2 Level of Theory},
author = {Vladislav R. Aslopovsky and Andrei V. Scherbinin and Nadezhda N. Kleshchina and Anastasia V. Bochenkova},
url = {https://www.mdpi.com/1422-0067/24/14/11266},
doi = {10.3390/ijms241411266},
issn = {1422-0067},
year = {2023},
date = {2023-01-01},
journal = {International Journal of Molecular Sciences},
volume = {24},
number = {14},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Andersen, Lars H.; Rasmussen, Anne P.; Pedersen, Henrik B.; Beletsan, Oleg B.; Bochenkova, Anastasia V.
High-Resolution Spectroscopy and Selective Photoresponse of Cryogenically Cooled Green Fluorescent Protein Chromophore Anions Journal Article
In: The Journal of Physical Chemistry Letters, vol. 14, no. 28, pp. 6395-6401, 2023.
@article{Andersen2023,
title = {High-Resolution Spectroscopy and Selective Photoresponse of Cryogenically Cooled Green Fluorescent Protein Chromophore Anions},
author = {Lars H. Andersen and Anne P. Rasmussen and Henrik B. Pedersen and Oleg B. Beletsan and Anastasia V. Bochenkova},
doi = {10.1021/acs.jpclett.3c01452},
year = {2023},
date = {2023-01-01},
journal = {The Journal of Physical Chemistry Letters},
volume = {14},
number = {28},
pages = {6395-6401},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Sudarkova, Svetlana M.; Ioffe, Ilya N.
E/Z photoisomerization pathway in pristine and fluorinated di(3-furyl)ethenes Journal Article
In: Phys. Chem. Chem. Phys., vol. 24, iss. 38, pp. 23749-23757, 2022.
@article{Sudarkova2022,
title = {E/Z photoisomerization pathway in pristine and fluorinated di(3-furyl)ethenes},
author = {Svetlana M. Sudarkova and Ilya N. Ioffe},
url = {http://dx.doi.org/10.1039/D2CP02563A},
doi = {10.1039/D2CP02563A},
year = {2022},
date = {2022-01-01},
journal = {Phys. Chem. Chem. Phys.},
volume = {24},
issue = {38},
pages = {23749-23757},
publisher = {The Royal Society of Chemistry},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Gruber, Elisabeth; Kabylda, Adil M.; Nielsen, Mogens Brøndsted; Rasmussen, Anne P.; Teiwes, Ricky; Kusochek, Pavel A.; Bochenkova, Anastasia V.; Andersen, Lars H.
Light Driven Ultrafast Bioinspired Molecular Motors: Steering and Accelerating Photoisomerization Dynamics of Retinal Journal Article
In: Journal of the American Chemical Society, vol. 144, no. 1, pp. 69-73, 2022.
@article{Gruber2022,
title = {Light Driven Ultrafast Bioinspired Molecular Motors: Steering and Accelerating Photoisomerization Dynamics of Retinal},
author = {Elisabeth Gruber and Adil M. Kabylda and Mogens Brøndsted Nielsen and Anne P. Rasmussen and Ricky Teiwes and Pavel A. Kusochek and Anastasia V. Bochenkova and Lars H. Andersen},
doi = {10.1021/jacs.1c10752},
year = {2022},
date = {2022-01-01},
urldate = {2022-01-01},
journal = {Journal of the American Chemical Society},
volume = {144},
number = {1},
pages = {69-73},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Tau, Omri; Henley, Alice; Boichenko, Anton N; Kleshchina, Nadezhda N; Riley, River; Wang, Bingxing; Winning, Danielle; Lewin, Ross; Parkin, Ivan P; Ward, John M; others,
Liquid-microjet photoelectron spectroscopy of the green fluorescent protein chromophore Journal Article
In: Nature communications, vol. 13, no. 1, pp. 507, 2022.
@article{Omri2022,
title = {Liquid-microjet photoelectron spectroscopy of the green fluorescent protein chromophore},
author = {Omri Tau and Alice Henley and Anton N Boichenko and Nadezhda N Kleshchina and River Riley and Bingxing Wang and Danielle Winning and Ross Lewin and Ivan P Parkin and John M Ward and others},
year = {2022},
date = {2022-01-01},
journal = {Nature communications},
volume = {13},
number = {1},
pages = {507},
publisher = {Nature Publishing Group UK London},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Sorry, no publications matched your criteria.